Quel(s) logiciel(s) pour gérer convenablement sa bibliographie ???

D’aucuns diront qu’il n’y a rien de plus aisé que de gérer ses références bibliographiques sur son ordinateur. Grand bien leur fasse, j’avoue n’avoir jamais trouvé de solution qui me convienne complètement !!! En effet, cela fait maintenant plusieurs années que je fais de la biblio de façon régulière, et comme tout le monde, j’ai commencé par ranger mes PDF dans des dossiers comprenant eux-mêmes des sous-dossiers. Puis un jour, je tombe sur un article, je suis pressé, je ne sais pas trop dans quel dossier le mettre, alors je crée un dossier « en vrac » ou « à trier » (c’est selon) et trois mois plus tard, ce dossier contient plus de 300 PDF dont les noms n’ont jamais été modifiés et je ne retrouve plus rien !!!

J’ai alors décidé de regarder ce qu’il se faisait du côté des logiciels de gestion bibliographique. NON, stop, je ne veux pas entendre parler de Endnote. Ce logiciel est certainement bien, mais je ne veux pas en parler ici, tout simplement parce que je ne l’ai pas testé. Je voulais bien sur regarder du côté des logiciels libres dans un premier temps. Après avoir testé bibus, jabref, tellico et quelques autres dont les noms m’échappent, je vais vous donner ma façon de procéder actuelle.

Tout d’abord, je dois annoncer ma déception d’avoir à utiliser deux logiciels dont l’un n’est pas un logiciel libre !!! L’un des deux est un logiciel dont le développement commence a vraiment être au point puisqu’il est soutenu depuis 2005. Il ne s’agit pas à proprement parlé d’ailleurs d’un logiciel. En effet, c’est plutôt une extension prévue pour firefox. Ainsi, Zotero est une extension fort utile. C’en est terminé de la gestion des fichiers de façon approximative car vous pouvez maintenant insérer des tags pour gérer vos PDF. Bien entendu, il est toujours possible de les gérer par la date, l’auteur, le journal ou autres. Une autre qualité de Zotero est de permettre de passer par des serveurs mandataires, ce qui permet de se connecter au site du journal directement par les serveurs de l’INSERM ou l’université. Un accès rapide et simple à quasiment tous les PDF est ainsi possible.

Zotero a malgré tout quelques limites, sans lesquelles je ne serais pas allé voir du coté d’un logiciel propriétaire !!! Tout d’abord, il n’est pas possible de modifier de façon simple les PDF (pas de surbrillance possible ou alors en passant par des logiciels de PDF intermédiaires… Bref, pas simple). Ce n’est pas non plus le logiciel rêvé pour envoyer et partager un PDF. Pour envoyer ses PDF il faut passer la base de données de PDF stockée dans une arborescence improbable. La solution que j’ai trouvée pour me simplifier la vie est donc d’utiliser Mendeley. Oui, je sais, pas taper, ce n’est pas un logiciel libre… Alors quand même, pour ma défense, il est développé par des chercheurs et des acteurs de l’open source… Bon je sais, ça ne fait pas tout. En tout cas, il me permet de faire plusieurs choses intéressantes. D’abord, la modification des PDF est vraiment simple puisque qu’un éditeur de PDF est intégré au logiciel. De plus, après s’être créé un compte sur le site de Mendeley nos données sont stockées sur le cloud !!! Quel intérêt allez-vous me rétorquer ? Et bien figurez-vous qu’il existe un petite application android nommée Scholarley. Ceci permet d’avoir accès à sa biblio un peu partout, quelque soit l’endroit où vous vous trouvez. Pour quelqu’un comme moi, qui passe près de deux heures par jour dans le train, cela me permet d’accéder à mes articles rapidement dans le train et de les lire sur mon téléphone.

Voilà où j’en suis de mes recherches concernant la gestion de la biblio… J’espère que cet article sera utile à ceux qui, comme moi, sont confrontés à des difficultés d’organisation importantes (en matière de biblio cela va de soit !) Bonne lecture !

Les journalistes du Figaro sont très compétents… Ou pas !!!

Bon je vais donc commencer la reprise des articles de ce blog par un coup de gueule… Ça manquait un peu non ? Au hasard des actualités, je tombe sur un article qui attire mon attention. Son titre : « Mélenchon accentue la pâleur de Hollande ». Je me dis, ça a l’air marrant cet article, on va allez voir de quoi il en retourne !!! Première surprise, je tombe sur le site du Figaro… Bon, une fois la surprise passée, je commence à lire l’article, en me disant qu’il peut toujours être intéressant de voir ce que des journaux de droite pensent de Mélenchon, ça peut être un bon baromètre, blablabla. Je ne fût pas déçu !!!

C’est vraiment rigolo de noter l’incompétence journalistique du Figaro !!! Le PC ne présente pas de candidat ??? Et Mélenchon, c’est qui alors ? Et oui, les amis, Jean-Luc Mélenchon est le candidat de front de gauche, mouvement composé historiquement du parti de gauche, de PCF et de la gauche unitaire (un courant unitaire de l’ancienne LCR)… Le candidat du PCF est donc Mélenchon !!! Revoyez votre copie !!!

Deuxième erreur selon moi, il [Hollande] n’a pas voulu présenter un programme fortement ancré à gauche, car il aurait suscité un rejet majoritaire. Tiens, c’est marrant parce que justement Mélenchon qui est le seul à porter un projet vraiment à gauche, est la révélation de cette campagne… Signe que le rejet massif est plutôt tourné vers le programme d’accompagnement de la dérive droitière des socialistes non ???

Bon, maintenant que j’ai un peu frappé… Je vais plutôt distribuer quelques bon points. Premièrement, le Front de gauche, dans l’article est décrit comme une famille de gauche extérieure au PS… Bravo, fin du carcant de l’extrême gauche concernant tout ce qui se trouve au à la gauche du PS !!!

En guise de conclusion, et sans rentrer dans le détail, je dirai que l’analyse politique globale de cet article me laisse vraiment perplexe !!!

De retour après quelques temps de mutisme total…

Bonjour à tous,

Me voici de retour ici après quelques temps d’absence (bon OK, un an — en fait c’est plutôt deux comme me le fait remarquer Alban — c’est un peu plus que « quelques temps »). En fait, je viens ici pour expliquer les raisons de ce mutisme.

Comme certains d’entre vous le savent, après le Master, vient la thèse, un moment formidable !!! Mais avec lequel la tenue d’un blog est difficilement compatible… Pour autant, j’ai fait le choix de garder ce mode d’expression que je trouve particulièrement adapté à ma façon de communiquer. Pour le moment, ce site reste chez Free, bien que je pense que dès mon déménagement dans ma nouvelle maison, il finira sur un serveur maison… Mais pour l’instant, c’est bien comme ça.

Tout ça pour dire que, malgré le manque de temps disponible pour scruter l’actualité, cela me démange d’écrire et de faire partager mes quelques modestes articles. J’ai décidé de tenter tant bien que mal de réalimenter progressivement ce site au fur et à mesure mes disponibilités. Comprenez que la fréquence sera probablement plus faible… Mais les temps qui courent, l’actualité, les élections présidentielles m’ont donné envie de reprendre progressivement le cours de mes tergiversations.

Alors, en espérant que mes contributions seront utiles à l’intelligence collective, je vous dis à bientôt pour de nouvelles aventures !!!

Merci à vous.

Affiner le discours sur les OGM

Me voici de retour, après un long moment d’absence, dû en très grande partie à mes occupations au laboratoire. Je voudrais profiter de cet article pour faire une petite mise au point concernant les organismes génétiquements modifiés (OGM).

Je suis, pour ma part, comme un certain nombre de personnes, particulièrement attentif aux problèmes environnementaux qui s’abattent sur la planète. Nous sommes aujourd’hui confrontés à de réels problèmes concernant les énergies fossiles, l’eau, la disparition d’espèces animales… J’essaie également, tant que faire se peut, de ne pas gaspiller les ressources énergétiques dans ma vie de tous les jours.

Pourtant, je suis particulièrement agacé d’entendre le discours trop simpliste de certains écologistes. Il est en effet humainement impossible d’être contre les OGM. Après cette attaque frontale, je pense que je dois quelques explications. La question des OGM est une question très compliquée pour laquelle il faut prendre énormément de précautions. Dire non aux OGM c’est donner un coup d’arrêt à la recherche fondamentale en biologie cellulaire. Certains le savent, je travaille dans un laboratoire de recherche en cancérologie, et je peux donc vous affirmer que nous utilisons des OGM tous les jours pour mettre en évidence des phénomènes biologiques à l’origine du cancer. La compréhension de ces phénomènes nous amène a mettre en place de nouvelles stratégies concernant le traitement. C’est pourquoi, il est nécessaire de préciser les choses lorsque l’on parle d’un sujet aussi compliqué. Je suis personnellement contre l’utilisation de ces organismes modifiés pour une utilisation alimentaire, ou même pour une culture en plein champ. Il me paraît en effet nécessaire de faire valoir le principe de précaution. Mais je ne suis pas contre l’utilisation de tous les OGM !

Est-ce que les écologistes qui tiennent le discours du NON aux OGM sont contre la recherche fondamentale en biologie cellulaire notamment ? Je ne crois pas. Il s’agit juste, à mon avis, d’un raccourcit de langage — en tout cas je le souhaite– mais je tenais à faire cette mise au point, parce que j’en ai assez d’entendre les gens avoir des discours catégoriques. Les choses sont très souvent bien plus compliquées qu’on nous le présente, et il faut que chacun d’entre nous ai le courage de comprendre cette complexité avant de se forger un avis !

La Quadrature du Net en danger !

La Quadrature du Net est une organisation qui s’est créée à la suite des différents projets gouvernementaux portant atteinte aux libertés individuelles sur Internet. Ils ont été particulièrement actifs sur des sujets comme les lois LOPPSI ou HADOPI. Le site qu’ils ont crée se veut être un espace de débats et d’échanges sur des sujets de société portant sur les libertés et notamment celles du Web. De nombreux articles offrant une analyse de ces questions permettent de se forger une opinion éclairée. Ils militent donc très ouvertement pour un Internet libre et ouvert.

Seulement, il semblerait que depuis quelques temps, les comptes de cette organisation ne soient pas au beau fixe, et qu’ils éprouvent des difficultés financières. C’est en tout cas ce que semble indiquer Benjamin Bayart sur son blog. Pour mémoire, ou pour information, M. Bayart est le président de la FDN (French Data Network) et il participe à la gestion administrative de La Quadrature. À la lecture de son article, on est fixé sur l’ampleur du problème. En effet, selon ses propos, La Quadrature ne passerait pas l’été si la situation ne s’améliorait pas. En termes simples, cela revient à dire : Faites des dons, ou on meurt !

Je me fais donc ici le relais de cet appel et j’invite les lecteurs de ce post à faire un geste pour les aider. Ils participent tout les jours à défendre nos intérêts sur la toile et dans la vie, ils luttent pour que nos libertés les plus fondamentales soient respectées. Les voir disparaître serait à mon avis très dommageable pour la qualité du débat. Merci pour eux !

Un grand artiste nous a quitté

La mort, dont il parlait avec aisance, sans crainte ni angoisse, qu’il chantait du fond de ses tripes, a fini par avoir raison de lui. Mano Solo, fils du célèbre dessinateur Cabu, nous a en effet quitté, suite à de nombreuses ruptures d’anévrisme.

C’est donc avec une grande émotion que j’écris ce post, et je dois avouer que les mots me manquent. Je ne recevrai plus ses coups de gueule contre le système injuste dans lequel nous évoluons, je ne pourrai plus lire ses billets d’humeur. Bref, c’est pour moi un compagnon de route que je perds aujourd’hui, un artiste dont les chansons ont rythmé chaque période de ma vie. Chacune de ses chansons me renvoie à une étape précise de mon existence.

La tristesse et l’émotion vont donc m’obliger à conclure ce post sur ces quelques mots : shalalala shalalalala ! Et vive la révolution !

Un grand hommage à lui !!!

Bonne année !!!

Comme promis, je tiens les délais pour vous souhaiter une très bonne et heureuse année 2010. Qu’elle soit pour vous toutes et tous synonyme de réussite dans ce que vous déciderez d’entreprendre, qu’elle comble vos attentes les plus folles (on ne rit pas, j’en connais qui verront très bien de quoi je parle) !!!

Parlons un peu résolution… Je prends devant vous, deux résolutions : la première, d’écrire un peu plus sur ce blog pour vous faire partager un peu plus de choses. La deuxième : de ne surtout pas prendre plus de résolution pour éviter qu’on me reproche de ne pas les tenir…

Joyeux Noël

Bonjour à tous, me voici de retour ici pour vous souhaitez un joyeux noël !!! Certes c’est avec un peu de retard que vous pouvez lire ces lignes, et je vous prie de bien vouloir m’excuser. C’est promis, j’essaierai de faire mieux pour le classique deuxième volet de ces voeux de fin d’année…

Je vous prie également de bien vouloir m’excuser pour mes absences de plus en plus longues sur ces pages… Je prends comme résolution pour l’année 2010 de tenter d’écrire un peu plus sur ce blog. Espérons que je tiendrai !!!

Travailler moins, pour gagner moins, et vivre plus longtemps…

La crise financière dans laquelle le monde se trouve actuellement est le reflet d’un état de santé catastrophique du système économique mondial. Mais qu’en est-il de la santé des populations ? Quel est l’impact des grandes crises économiques historiques sur la santé des gens ? C’est la question que se sont posés deux épidémiologistes américains, et les réponses sont particulièrement surprenantes !

En effet, après avoir étudié la grande récession de 1929, ils ont pu mettre en évidence le fait que l’espérance de vie avait progressé de 4 ans entre 1929 et 1932. Ainsi, durant ces années, on assiste à une diminution du nombre de décès par maladie ou par accident. L’une des causes possibles de cette observation est qu’en période de crise, une augmentation du chômage est observée, et, par voie de conséquence, un ralentissement du rythme de vie, un allègement de la charge de travail, et une augmentation du temps libre pour prendre soin de sa santé… On observe également une amélioration du lien social. On notera cependant, et assez logiquement, que le nombre de morts par suicide augmente en période de crise pour atteindre environ 2% des décès en proportion.

Parallèlement, les auteurs montrent également que durant les périodes de forte activité économique et industrielle, la mortalité est augmentée. Ils avancent quelques éléments d’explication. Tout d’abord, durant ces périodes, on note une augmentation du stress, du tabagisme, de l’alcoolisme ou encore du manque de sommeil qui peuvent intervenir négativement sur l’état de santé des populations. Ensuite, il y a également plus de déplacement en voiture que durant les périodes de moindre activité de sorte que le nombre d’accident est statistiquement augmenté. Le nombre d’accident de travail est également supérieur dans la mesure où, durant les périodes d’activité intense il faut répondre à une importante demande, donc il faut faire appel à des personnes peu expérimentées pour effectuer les tâches… Enfin, les périodes de forte production industrielle sont génératrice de pollution, qui peut augmenter certaines affections, notamment respiratoire, et ainsi influer sur la mortalité !

C’est ainsi qu’une simple étude de l’épidémiologie américaine nous montre que travailler n’est pas forcément aussi bon pour la santé qu’on aurait pu l’imaginer !!! CQFD 😀

Retour d’expérience

Il y a maintenant quelques semaines, j’ai fait l’acquisition d’un magnifique asus 1005-HA. Une toute petite merveille de technologie, avec une autonomie de batterie de 10h30 annoncée. Bien que proche de la réalité, il s’agit quand même d’une légère sur-estimation étant donné que je tiens globalement 9h lorsque j’utilise cette petite bête sur le système avec lequel il est livré, à savoir windows XP !!!

Ce système d’exploitation ne m’a bien entendu servit que pour faire ce test… J’ai donc très rapidement installé un véritable OS. Mon choix de distribution s’est porté sur Debian, parce que je l’utilise depuis quelques temps maintenant et que j’en suis très content. L’installation a été un peu rude (problème de gestion du matériel réseau résolu en mettant à jour le noyau), mais s’est finalement soldée par un succès.

Bref, tout ça pour dire que je suis ravi et que je conseille vraiment cette petite machine. Un ordinateur vraiment tout petit, facilement transportable, aux performances plus que correctes, avec une très bonne autonomie en batterie. On peut ne pas apprécier l’écran brillant ou encore le plastique brillant qui imprime les traces de doigts, mais pour le reste… Impécable, pour mon utilisation !

Si vous avez des questions n’hésitez pas !!!